W fazie wybarwiania się, owoce są najbardziej podatne na gorzką zgniliznę, a jeśli pojawią się opady deszczu konieczne jest kontynuowanie zabiegów ochronnych rozpoczętych miesiąc po kwitnieniu.

Decyzję o sposobie i terminie zwalczania należy podjąć po przeprowadzeniu obserwacji. Liczbę zabiegów należy dostosować do przebiegu pogody. W lata wilgotne bardzo ważna jest ochrona w okresie wybarwiania się owoców, a zwłaszcza zabieg tuż przed zbiorami owoców.

Zabiegi ochrony przeciwko gorzkiej zgniliźnie wiśni w okresie deszczowej pogody powinny być kontynuowane co kilkanaście dni i jak najszybciej – po wystąpieniu intensywnych opadów deszczu. Po opadach przekraczających 20-25 mm, czy intensywnych deszczach – ponad 16 mm deszczu, zabieg fungicydem kontaktowym powinien być powtórzony czasem nawet już następnego dnia.

W okresie bezdeszczowym – przerwy między zabiegami mogą wynosić do 14 dni. Najskuteczniejszy sposób na zapobieganie rozwojowi choroby to opryskiwanie drzew fungicydami zawierającymi kaptan i tiuram.

Około 2-3 tyg. po kwitnieniu wiśni, począwszy od fazy rozrastania się zalążni do początku dojrzewania i wybarwiania się owoców zaleca się  stosowanie środków  Kaptan Zawiesinowy 50 WP lub Sadoplon 75 WP  w dawce 3 kg/ha a także Kaptan Plus 71,5 WP w dawce 2,0 kg/ha. W sadach, w których w poprzednich sezonach notowano chorobę należy wykonać cztery lub pięć oprysków

Uwaga na okres karencji!  W przypadku opryskiwania wiśni Kaptanem Zawiesinowym 50 WP oraz Kaptanen Plus 71,5 WP okres karencji wynosi 14 dni i jest to najkrótszy okres karencji, jakim charakteryzują się dostępne na rynku środki ochrony roślin bazujące na substancji czynnej kaptan, dla Sadoplonu 75 WP jest to 7 dni.