Przyczyny zmęczenia gleby, tzw. choroby replantacji, nie są do końca wyjaśnione, ale wiadomo, że zjawisko to wywołują różne gatunki bakterii, grzybów oraz nicieni. Występuje ono wtedy, gdy drzewa owocowe sadzi się na miejscu, na którym wcześniej rosły rośliny tego samego lub pokrewnego gatunku.

Choroba replantacji objawia się osłabionym bądź całkowitym zahamowaniem wzrostu nadziemnych organów oraz korzeni młodych drzew sadzonych bezpośrednio po usunięciu poprzednich.  Pędy takich drzew słabo się rozwijają, a liście są małe i niedorozwinięte. Na zmęczenie gleby podatne są: jabłonie, wiśnie, czereśnie oraz brzoskwinie. Mniej podatne są grusze, a najmniej śliwy. Okazuje się, że resztki korzeni po wykarczowanych drzewach wydzielają w czasie rozkładu substancje toksyczne, które uniemożliwiają wzrost nowo posadzonym roślinom.

Inną przyczyną choroby replantacji może się wiązać z wyczerpaniem mikroelementów w glebie. Jeszcze inne źródła podają, że na zmęczenie gleby wpływa obniżenia wartości pH (zakwaszenia gleby), nadmierna koncentracja soli (wysokie EC gleby) oraz akumulacja fitotoksycznych chemicznych środków ochrony roślin lub zanieczyszczeń antropogenicznych. Najskuteczniejszą metodą zapobiegania wystąpienia zmęczenia gleby jest zakładanie sadów na stanowiskach po innych roślinach.

Po zlikwidowaniu danej uprawy sadowniczej, w jej miejscu trzeba przynajmniej przez kilka lat uprawiać rośliny rolnicze, a następnie sadzić rośliny sadownicze. W przypadku zakładania nowych sadów na miejscu starych należy przeprowadzić biotest z siewkami wysadzanego gatunku drzew na próbkach gleby. Przy małym stopniu nasilenia choroby można posadzić drzewka o wysokiej zdrowotności, zapewniając im później właściwe zabiegi agrotechniczne. Przy stosowaniu odkażania gleby silnie zmęczonej niekorzystne jest niszczenie pożytecznych drobnoustrojów. Zalecane jest dodawanie do gleby w miejscu sadzenia drzew – torfu i kompostu, a także obornika lub gnojowicy.